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如何利用PubReMiner汇总分析PubMed查询结果提高查询效率

EndNote 2023-01-12

利用PubReMiner汇总分析PubMed查询结果提高查询效率，可以对PubMed查询结果进行汇总分析，不仅可以明显的提高PubMed查询效率，而且还可以掌握最新的研究动态。

PubReMiner 是 PubMed 资料分析工具，可以对 PubMed 查询结果进行汇总分析，并且按照不同有的显示方式显示出来。从而对 PubMed 的查询结果有个总体把握和认识。PubReMiner 可以统计的项目有出版年份、期刊、作者、国家、MeSH等等很多内容。

这方面的工具也有其它优秀应用，如Web of Knowledge，可是它却是收费的。相反，PubReMiner 却是免费的！如此优秀的应用怎能不介绍给大家。废话少说，来看看如何使用。

使用方法

首先要进入http://hgserver2.amc.nl/cgi-bin/miner/miner2.cgi，界面如下。

利用PubReMiner汇总分析PubMed查询结果提高查询效率

在「Start remining PubMed for」输入 PubMed 检索式。PubMed 检索式如何编写？可以利用 PubMed 高级搜索功能编写。当然，如果您是检索大牛的话，对于 PubMed 检索式了然于胸，也可以直接编写。反正我不会，记不住那么多规则，我只会「Advanced Search」。

我以曾经检索过的一个检索式来说明一下。

把输入PubMed 检索式「(((HIV[MeSH Terms]) AND tuberculosis[MeSH Terms])) OR ((tuberculosis[MeSH Terms]) AND AIDS[MeSH Terms])」输入到「Start remining PubMed for」，其它默认即可。

然后「Start PubReMiner」，会得到一个界面。

在新界面中「Search with Manual Adjustment」

利用PubReMiner汇总分析PubMed查询结果提高查询效率

命中2821篇文献，可是默认显示的是1000篇。把「Abstract Limit」调成10000篇。

如果想显示快些，可以把右侧的「columns to display」不显示「mesh」「substance」和「word」。

之后会得到如下结果

利用PubReMiner汇总分析PubMed查询结果提高查询效率

PubReMiner 已经把所有文献按照发表年代，杂志，作者等分类了。

从这个结果中我们可以看到，发表此类文章最多是的Lancet，此类研究最多的大牛。当然第一个作者「ET AL」不是作者。

点击右侧的「P」，可以回到 PubMed 看到有关此项的研究。找个大牛看看。我们以第二位作者「CHAISSON RE」为例，点击右侧的「P」，可以看到CHAISSON RE所有的发表文献。这位大牛居然发表了318篇！牛人啊就是牛人。

利用PubReMiner汇总分析PubMed查询结果提高查询效率

在Google里搜索一下这位牛人

利用PubReMiner汇总分析PubMed查询结果提高查询效率

找到其主页

利用PubReMiner汇总分析PubMed查询结果提高查询效率

原来是Johns Hopkins University的一位教授，上面还有他的经历和发表文献。如果您想继续此方面的研究，可以考虑申请他的博士。

有的教授还有FaceBook主页，同样可以找，甚至E-Mail了，Tel了的，都可以找到，联系他吧。

重新搜索

点击需要添加的内容，在左侧选中，如我们只想看发表于 Lancet 和N Engl J Med的文章，选中之后再「Search Again」，会把只发表于Lancet 和N Engl J Med的文章筛选出来，通过上方的「Goto PubMed with query」，又可以回到 PubMed 看到这些结果的具体情况。

利用PubReMiner汇总分析PubMed查询结果提高查询效率

另外，还可以把汇总分析的结果导出为TXT文档，再通过Excel分析。

价值

面对当今信息过剩的年代，PubMed 上的资料也越来越多，我们无法知道哪些东西是有意义的。当然我们可以利用一些工具筛查一下文献，如：

利用医学文献助手筛查PubMed文献质量

利用PubMed Filters筛查文献质量

利用EndNote筛查文献质量

但是PubReMiner 的价值还不在于此，PubReMiner不仅过滤信息，把最好结果呈递给我们，而且还有许多更好的应用。我稍微总结了一下。

1、筛查 PubMed 信息。

2、提供研究趋势，可以根据发表年代的文献数量，看出这方面的研究是增加还是在减少。因此利用这个，可以初步考虑一下进行此方面的研究是否有价值。

3、提供投稿方向。根据相应发表此类文献的杂志，可以初步考虑一下向何种杂志投。当然发表此类文献最多的杂志是首选，因为编辑们对此方面感兴趣。如果一个杂志此类研究尚未发表一个，决定投此杂志之前要考虑一下了。

4、提供了世界上谁在做此类研究。根据作者信息，可以看到此类研究最多的大牛是谁。如果想外出深造，当然首选此类大牛。出研究成果的机率也就大大的增加。通过Google完全可以找到此位大牛在哪，有啥联系方式。唉，现今社会，人还有隐私吗？！

5、相比于Web of Knowledge免费，这点很重要。


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