多文本导入今天介绍下如何一次导入71个txt文本，每个文本2列数据，一共142列。希望看完这个不要再一次次复制粘贴了，多次复制又累又容易出错。操作步骤很简单，在Data按钮下面选择impo......
2023-01-12
如何利用Graphpad Prism 8制作火山图
EndNote
2023-01-12
数据预处理。
小编用手里现有的组学数据进行分析（因为数据比较多，截图只展示一部分），首先将数据按Log2FC和FDR进行筛选，选出显著上调、显著下调和差异不显著的基因（这里筛选标准为Log2FC<-1.2或>1.2，FDR < 0.05）。
（部分原始数据）
数据录入和标准化
我们将处理好的数据输入到Prism的XY表格中，做散点图。
首先将FDR值进行标准化。对FDR (up)、(down)和(ns)这3列取对数，进行标准化（当然也可以在Excel表格中进行对数标准化，在这里不赘述）：点Analyze，选择Transform，对数据进行标准化。
（数据标准化过程）
然后在弹出的计算公式窗口中选择内建的“Y=-1*log(Y)”，点OK完成计算，得到标准化后的数据。
（数据标准化计算结果）
原始结果输出与图标优化
通过以上的数据分析处理，我们得到了初步的散点图，不过这跟真正的火山图还差很远，需要进行调整，这个过程比较复杂，所以在这里说的详细一些。
（原始结果图）
首选是坐标轴调整。先双击坐标轴，在Format Axes选项卡中设置横坐标居左、图片形状为Square（方形），也可修改坐标轴的“包围”。再将横、纵坐标调整到合适大小（根据自己的数据结果调整）。在本例中我们选横坐标为（-4.5~4.5），纵坐标为（-0.5~15），纵坐标选择-0.5是为了让数据的“散点”不贴在横坐标上。其他的如坐标轴文字、图例说明等基本设置不再赘述。
然后再添加辅助线标识。在坐标轴的指定位置添加辅助线（筛选标准），这里X轴的-1.2和1.2处加两条辅助线，在Y轴的1.3处（-log10 0.05=1.301）添加另一条水平的辅助线。点Details下的“…”按钮，可对辅助线的样式进行更自由的调整。
最后双击“散点”，进入Format Graph选项卡，将各组shape改为实心圆，将Size改为1。再分别将up、ns、down三个数据集的散点改为不同的颜色（在这里选用红、灰和蓝色）。然后继续调整Data Sets on Graph选项。改变三组“点”的图层顺序，将灰色（ns）的点置于底层。然后就大功告成了。
最终的效果，请参考：
如何利用Graphpad Prism 8制作火山图的下载地址：
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