如何利用Graphpad Prism获得Nature同款的“相关性分析图”

EndNote 2023-01-12

在分析实验数据时，我们常需要对两种指标的相关性行进描述，例如：指标A增长，指标B也增长，二者之间是否有联系？这就需要对数据进行相关性分析了。

阅读文献时也经常会看到对两个指标进行相关性分析的图，例如2019年发表于Nature Neuroscience上的一篇文章：

Kamiya A, et al, Nat Neurosci, 2019

在这个图中，横坐标是副交感神经标记物VAChT的量，纵坐标是Foxp3+细胞的量，从图上可以清晰看到Foxp3+细胞是与副交感神经的分布升高而降低，二者呈负相关。

这种做相关性分析的图很常见，在PNAS，Nature Communications等众多杂志中都频繁出现，但做起来并不复杂，采用Graphpad就可以完成。图文教程

1、打开Graphpad，创建新的工作表，如下图所示，左侧的图表类型选择XY表，在右侧图表设置中，X选择第一个，Numbers，表示X轴为数值；Y也选择第一个，表示Y轴的每一个指标对应一个散点。选择好之后点击Creat；

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2、将数据复制粘贴到创建好的工作表内，如下图，指标A粘贴到X标签栏，指标B粘贴到Y栏（Graphpad创建的XY类型的工作表中，第一栏默认为是X轴数据，后面全部为Y轴的数据）

这样做出来的图形A指标在X轴，如果想让A指标显示在Y轴，则将A指标粘贴到Y栏，B指标粘贴到X栏

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3、创建散点图，点击Graphs下的Data1，在出来的对话框中选择第一个散点图，点击OK

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在上图可以看看到，横纵坐标轴的“指标”二字无法显示，这是由于Graphpad默认的字体为Arial，无法识别中文，更改一下字体就可以了，如下图，单击坐标轴的标签，选中坐标轴字体后，在Text窗口修改字的大小和字体类型，Graphpad提供的中文字体比较丰富，在下拉菜单栏中选择自己想要的即可

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4、设置好图标之后，对散点进行拟合，如下图，点击Analyze后，对话窗口的XY analyses下选择线性回归（Linear regression），再点击OK

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点击OK之后会弹出设置图表参数的窗口，一般都是默认好的，不用再手动设置，因此再次点击OK，如下图

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这时可以看到散点图中出现拟合出的直线

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但在发表的文章中是需要提供R2和P值的，如下图，因此还需要进行相关性分析

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5、相关性分析：如下图，依然选择Analyze，对话窗口的XY analyses下选相关性（correlation），再点击OK

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弹出的参数设置对话框不用再手动设置，继续选择OK即可，如下图

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点击OK之后，窗口自动跳转到Results界面，显示了R2和P值，如下图

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6、标注R2和P值，如下图，点击文本工具，在散点图上合适的位置输入R2和P值，再将R2的“2”改为上标，选中“2”，点击上标工具即可

（第6步只是在制作好的图表上输入文字，不一定要在Graphpad上完成，采用其他软件一样可以实现）

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