PubReMiner 数据库一般使用方法和常见问题

EndNote 2021-06-25

现在 PubMed 数据库越来越大，在浩如烟海的文献中如何找到自己最需要的文献越来越麻烦。PubReMiner 是一个很好用的工具，不仅可以利用 PubReMiner 汇总分析 PubMed 查询结果提高查询效率，另外还可以为论文选择可投期刊，查找某一研究领域的专家，并且还可以确定某一专家的研究方向。但是有许多人还是对 PubReMiner 不是太清楚，本文介绍一下 PubReMiner 常见的问题。

PubMed 数据库现在越来越大。在 PubMed 中检索时，可能得到很多的结果。但是这些结果可能并不是自己全部需要的。因此就需要对检索结果进行筛选，通过增加或变换检索词限制检索条件。但是改变哪些检索词更有效有些人可能不清楚。

PubReMiner 就是这样一个工具。可以先进行模糊搜索，之后通过增加/删除检索词/作者/期刊引导用户进行检索。检索词/作者/期刊以降序排列，因此可以清晰的了解哪些检索词才是最佳的组合。

另外还可以看到发表该类文章最多的期刊，在投稿的时候有助于选择命中率高的期刊。还能看到发表此类文章最多的专家，不仅在选择审稿人时有目的性，而且还能得出大牛的研究方向面获得研究思路。

使用方法

PubReMiner 一般使用方法和常见问题

PubReMiner 可以利用 PubMed 的检索式就能检索。如果不会写检索式，可以利用 PubMed 的高级检索方法，最后得到的检索式 PubReMiner 也可以识别。详见：利用 PubReMiner 汇总分析 PubMed 查询结果提高查询效率。

当然也可以直接在 PubMeder 中直接输入检索词，但是这样可能会导致检索结果过多，而 PubReMiner 对检索结果有数量要求，一次最多只能处理 1 万个文献。因此如果检索式太简单，检索结果又更多时，会超出 PubReMiner 的处理能力。因此对于热门研究，建议检索式最好更具体一些，不然结果太多会报错。

当提交检索式的时候，PubReMiner 可以处理检索要求，并把结果以频率表的形式显示，以关键词出现的次数多少降序排列。比如我们检索一下最近两三年闹的挺凶的埃博拉病毒，在检索框中输入「Ebola virus」可以得到 3075 篇文献，此时需要把「Absract Limit」调成显示「10000」篇才能正常处理。

PubReMiner 一般使用方法和常见问题

可以看到 PubReMiner 把检索结果根据不同的条件进行了降序排列，2014 年埃博拉病毒的研究呈爆发式增长，因为这一年出现了埃博拉病毒的流行，因此研究的也就相应的多了起来。

此时可以选择相应的限制条件，如选中某些期刊，或者还可以加上某些作者，或者加上一些 Mesh 词，通过「Operator」下拉列表中的「AND」还是「NOT」增加检索词或者排除某些结果。这样可以更能缩小检索结果，这比 PubMed 更直观，更有效。

结果分析

对 PubReMiner 的检索结果进行分析，我们可以得到很多有用的信息。

例如检索「PHOX2B」基因时，可以立即在检索结果中看到诸如转录，神经元，胚胎学和同源异型结构域。这些提示表明「PHOX2B」可能是一个转录因子，有同源异型结构域，在神经元的发育过程中可能起到重要的作用。

再比如上面有关埃博拉病毒的研究，可以看到发表这类研究最多的是「J Virol」，我们在投稿时可以根据这些期刊选择合适的投稿期刊。

在作者一栏还可以看到发表有关埃博拉病毒文献最多的作者是「FEKDNAN H」，如果想了解一下这位作者的全部研究，可以选中这位作者，然后「Search Again」，只看其研究。另外在投稿时有些杂志要求作者提供审稿人，可以根据 PubReMiner 的检索结果进行查找相关的专家。

另外 PubMeder 还可以用于研究课题的选择。首先选择一个研究方向，然后根据这个方向进行搜索，可以根据 PubReMiner 的检索结果看到当前研究的热点是什么，适不适合自己，不断的调整检索条件，相信会找到一个研究课题的。这对尤其是对研究生开题时不知道研究啥有很大的帮助。

总之 PubMeder 有许多功能，使用好了对课题研究还是有很大帮助的。

注意事项

使用 PubReMiner 时有几个问题需要注意和说明一下。

每一列中都有一个「OR」选项，选中后表明同时检索两个或者多个词，如第一列的「Year」中一栏，如果选中「2015」和「2014」，表明同时检索 2014 年和 2015 年发表有关埃博拉病毒的研究。
Word 一列中单词后面大都跟了一个星号(*) ，如「INFECT*」,这表明 PubReMiner 同时检索「infect」「infection」「infectious」等词，星号代表了省略了一些后缀。
Word 一列中有两个计数，一个是「#」，一个是「Count」。这两个计数代表的数字不相同。其实「#」下的数字是代表仅检索检索词的文献数量，而「Count」是检索检索词相似单词得出的文献数量。再比如「infect」一行，「#」下的数字是「392」，指仅检索单词「infect」得出的文献数量；而「Count」一行的数九寒天是「397」，也就是指此时不仅检索了「infect」，还同时检索了「infection」「infectious」等词，因此「count」得出的文献数要比「#」得出的文献数大。
有的列中的数字是红色，并且是不可选的，这表明再检索时，增加这些词并不会影响检索结果，因此这些词以红色显示，并且不可选择。比如下面这个例子，「dermatoscopy」和「nevi」前面的数字是红色，即使这两个选项可以选择，选上之后再进行筛选检索结果，都不会产生影响。因此这些对筛选检索结果不起作用的词都以红色显示，并且不可选择。
PubMed 允许检索一个 Mesh 的主根词，但是 Mesh 数据库可以指定更多的层次。PubReMiner 在检索的时候也把这些 Mesh 的层次呈现给用户，但是不能进一步选择主根词下的 Mesh 词，因此使用蓝色显示，并且不可以选择。并且主根词检索结果一般要大于下一级所有Ｍesh 词的检索结果之和。如下图的 Mesh 主根词是「diagnosis」，在 Mesh 数据库中，又可以包括很多不同的 Mesh 词，如「pathology」等等，这些词的计数就是蓝色显示，并且不可选择。
每个选项后面都跟一个蓝色的「P」，点击可以到 PubMed 检索相应的选项
检索结果中是不显示摘要的，如果想查看摘要，需要通过「Goto Pubmed with query」按钮打开 PubMed 进行查看

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